社子島在台北盆地的歷史裡很短，僅僅只有一百多年歷史，在社子島誕生之前，台北盆地原名康熙台北湖，康熙台北湖的產生在更早的一次大地震，當時的地震造成淡水河出海口的地區大量土石崩落，造成了盆地內河水阻塞，成為一個偃塞湖，就成為了我們現在說的康熙台北湖，社子島就是當時湖底沈積的沙洲所形成的。

當湖水漸漸退去，社子島從清朝浮出康熙台北湖歷史僅有一百多年，但是這裡的先民當時移墾之時，這裡仍然是一個獨立的沙洲沒有與台北市相連，所以在社子島與台北市相連的地方仍然稱為溪底，大概就是目前社子花市與洲美快速道路那裡。

社子島原本不適農耕，在漢人未入墾前，這裡是平埔族人的漁獵天地。

◆ 清初有渡台三禁 - 農耕
清初有渡台三禁來嚴格禁止中國福建、廣東一帶移民進入台灣，將閩粵一帶的移民堆向海外的台灣，偷渡的漢移民，如同潮水般湧進台北盆地，也進入了社子島，並向毛少翁社租地墾荒，將農業生產技術移入，使得經濟生活進入了另一個時代，使社子島變成以農耕為主的生活型態。

在早期地下水抽水並不發達，全靠地面水灌溉，因為基隆河水為較高、河到較深、較利於引入灌溉，因而水田全在基隆河河岸（現有排水圳路皆為過去的灌溉渠道），淡水河沿岸則因為水位低，河道寬淺，使得漲潮的河埔地很寬而無法利用，也因此在灌溉不利的地區僅能重些甘蔗與甘藷，甚至於鹽份過高只有任其荒廢，生活可說相當困苦。

由於明鄭曾佔台灣做為反清復明之根據地，復加上台海海域多倭寇海盜流竄，清未領台前已命令沿海居民居住需離海三十公里。清領台後（1684），即頒佈渡台三禁。
1。 渡台者以貿易商人為先，須申請渡台許可證。
2。 獲准渡台者不准攜眷；已渡台者，不得招致。
3。 潮惠居民嚴禁渡台。

社子島因地理位置的緣故，早在三百多年前就有平埔族的 (凱達格蘭族)人在本地活動，他們是從基隆河而下，來自三貂嶺的先住民，因此本區被稱為<社仔>(台語發音)。

由於這片土地位於台北市的外緣地帶，因此，在台北市的地圖上，始終未有正式的地名，故一直有<堤外三里>之名，而至民國七十五年，始正在命名為<社子 島>，社子島，是後港，社子，及葫蘆島三地合稱。